Im Vergleich zu anderen Messnetzen (Luft, Gewässer, Preisindex, LFI, Boden, etc.) ist das BDM relativ günstig. Die Erhebung der Arten kann zudem nicht von Automaten geleistet werden, sondern nur von Fachleuten mit aufwändigen Feldaufnahmen. Unter diesen Umständen ist das Verhältnis zwischen Aufwand und Ertrag des BDM sehr gut.

Im Verhältnis zur Bedeutung der Biodiversität, die sich in Milliarden von Franken misst, sind die Ausgaben für das BDM sehr bescheiden und ohne Zweifel gerechtfertigt, sogar dann, wenn sich die Schweiz am Erdgipfel von Rio 1992 nicht offiziell verpflichtet hätte, ihre Biodiversität zu erforschen und zu schützen.

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