Das BDM ist ein Projekt des BAFU. Eine externe Koordinationsstelle ist für das Gesamtprojekt verantwortlich.

Das BDM ist folgendermassen organisiert :

• Eine kleine externe Koordinationsstelle ist für das Gesamtprojekt verantwortlich und organisiert die jährliche Datenbeschaffung. Sie ist zuständig für Datenmanagement, Auswertung, Berichterstattung und Qualitätssicherung.
• Die Felderhebungen für die zentralen Indikatoren der verbreiteten Arten Z7 und Z9 sind öffentlich ausgeschrieben worden und an die geeignetsten Bewerber für eine mehrjährige Erhebungsperiode vergeben worden. An besonders aufwändigen Standorten führt die Koordinationsstelle eigene Erhebungen durch.
• Bei der Datenbeschaffung für seltene Arten werden jene Institutionen einbezogen, die sich bereits routinemässig mit den betreffenden Artengruppen befassen. Vorerst sind dies insbesondere das Centre suisse de cartographie de la faune (CSCF), das Zentrum des Datenverbundnetzes der Schweizer Flora (CRSF), die Schweizerische Vogelwarte, die Koordinationstelle für Amphibien- und Reptilienschutz in der Schweiz (KARCH) und die Schweizerische Gesellschaft für Wildtierbiologie (SGW). Darüber hinaus greift das BDM auf die Daten zahlreicher weiterer Institutionen und Organisationen zurück.

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